Actualmente, o Gil Vicente disputa a Série A do Campeonato de Portugal (3ª divisão) sem que os seus jogos contem para a classificação, por decisão da Federação.

Para o ano, o Gil Vicente será reintegrado na 1ª Liga. Ontem o G15, grupo dos clubes da Liga com excepção dos 3 grandes, esteve reunido com o Presidente da Liga e exige 1 "conforto financeiro" para o 16o classificado no final da época, que vai ter que descer de divisão. Actualmente é o Tondela o 16º classificado da 1ª Liga.
Em causa está a despromoção do Gil Vicente para a 2ª divisão na época 2005/06, por alegada irregularidade na utilização do jogador Mateus, actualmente jogador do Boavista. O Gil Vicente tem a integração prometida desde 2016 por decisão judicial.